康熙辛丑，兵部奏准：彭湖係臺灣咽喉緊要適中之地，移臺灣總兵駐澎湖，臺灣陸路改設副將。金門總兵黃英奏言：「彭湖為臺灣之門戶，今將臺灣總兵移改彭湖，臺灣設立副將，與水師彼此接應，遙度形勢，盡善之謀無大於此。臣閱地勢輕重，彭湖雖稱三十六島，居於臺、廈之中，究皆一抔之土，錯落彈丸，除媽宮、八罩略有人煙，餘悉冷落荒嶼，原設副將儘堪防守。茲臺灣南北延袤二千餘里，村莊、番社，閭井戶口，不下百餘萬，叢山深林，最易藏奸，非總兵不足以資彈壓。況安平水師及南北路副、參各員，與臺灣副將職位不相上下，有事勢必各懷己見，非若總兵可行調度。今若將總兵設在彭湖，與臺灣懸隔，往來船隻俱候風時；臺灣水陸各營儻有緊急事機，不能朝發夕至。是彭湖固臺灣之門戶，而臺灣實彭湖之腹心，形勢重於彭湖，關係沿海各省要害。請將總兵仍設臺灣，庶得居重馭輕之道，以造海宇無疆之福」。提督姚堂亦為陳請，仍照舊制駐劄。
安平水師額設戰船：中營平字號十八號，內趕繒十、雙篷艍六、雙篷古二；左營定字號十六號，內趕繒八、雙篷艍八；右營澄字號十八號，內趕繒十、雙篷艍八。彭湖水師額設戰船：左營綏字號十八號，右營甯字號十八號，與安平中、右營同。趕繒長四、五丈至七、八丈，雙篷艍長二丈至五丈。設為分、總巡哨之法，每年二、三、四、五月為一巡期，六、七、八月為一巡期；輪撥本營將備一員帶領兵船四分巡所轄洋面，副將統領兵船四總巡各營所轄洋面。大趕繒配兵六十、小趕繒五十、大艍四十、小艍三十四。巡期滿日，官兵船隻撤回安平水次。十月至正月，各船配兵一半，於本轄水汛巡哨。澹水營舊撥左營趕繒二，近又撥道標波字號趕繒四；又道標雙篷艍四，亦歸鎮標。各船三年小修、六年大修、九年再大修、十二年拆造；小修自三十兩至一百五、六十兩，大修自四十兩至二百三十餘兩，拆造自五十兩至三百六十兩不等。
鳳山打狗港距鹿耳門水程三更，北風盛發，鹿耳門港道狹隘，舟不得進，而打狗可揚帆直入，由此登岸者甚多。水師把總配哨船二隻，領兵防汛。下澹水離邑既遠，奸宄易滋，陸路千總領兵防汛。此二處，為南路水陸扼要之地。
偽鄭在臺，民人往來至半線而止。自歸版圖後，澹水等處亦從無人蹤。故北路營汛，止大肚安設百總一名，領兵防守；沙轆、牛罵二社，則為境外。自海盜鄭盡心脫逃，部文行知：夥盜供稱鄭盡心約在江、浙交界之盡山、花鳥、臺州之魚山、福建臺灣之澹水等處藏匿；維時總兵崔相國分撥千總一員領兵分防澹水。自後遂以為常，而業戶開墾，往來漸眾。
鎮標原額兵三千三百五十名，道標兵三百六十名。康熙六十一年，提督姚堂奏准將道標裁歸鎮標。安平協二千五百名，彭湖協二千名，南路營八百九十名，北路營八百九十名，澹水營五百名；全郡共兵九千四百九十名，合撥閩省將軍兵五百名，共一萬。六十年，總督滿保疏請於府治增一千名，四面協護。南路增一千名，以五百駐岡山，前護本營，後護府東，並保護羅漢門口；以五百駐下澹水、新園，後護本營，前查龍橋東之阿猴林等處。北路增一千名，以五百駐斗六門，後護半線，前護本營，並查笨港海口，防禦生番；以五百駐半線，後護澹水，前護斗六門，稽查鹿仔港，防護大江口。再北路營去府兩日，又有大河，不能即時接應，於適中之地亦應增五百名，前則協護府治，後則稽查北路橫港海口，堵截內山。共計增兵三千五百名。九卿議覆：「匪類聚眾為亂，並非兵少之故；添設官兵，甚屬無用」。遂寢其議。
癸巳九月，福督范時崇題准：在臺逃亡汰革兵丁，不得在臺募補，應於各原營挑選年力精壯有家業者，計有十名以上，即撥百隊一名，押往補額。兵米：鎮標三營，臺邑支給；安平水師，鳳山支給；彭湖水師，諸羅支給。
半線、澹水兵米，向皆折給：半線每石連腳價至九錢，澹水每石連腳價至一兩五錢；盡派里民。邑令周鍾瑄於半線建倉三間，貯榖三千七百有奇；澹水建倉二間，貯谷千餘；隨便撥補，就地礱給。
偷渡來臺，廈門是其總路。又有自小港偷渡上舡者，如曾厝垵、白石頭、大擔、南山邊、鎮海、岐尾；或由劉武店至金門、料羅、金龜尾、安海、東石，每乘小漁船私上大船。曾厝垵、白石頭、大擔、南山邊、劉武店係水師提標營汛，鎮海、岐尾係海澄營汛，料羅、東石、金龜尾系金門鎮標營汛，安海係泉州城守營汛：各汛亦有文員會同稽查。余有清臺地莫若先嚴海口一疏。
近海港口哨船可出入者，只鹿耳門、南路打狗港，打狗山南岐後水中有雞心礁、北路蚊港、笨港、澹水港、小雞籠、八尺門。其餘如鳳山大港、西溪、蠔港、蟯港、東港、茄藤港、放索港，冬月沙淤，至夏秋溪漲，船始可行、大崑麓社、寮港、後灣仔、諸羅馬沙溝、歐汪港、布袋澳、茅港尾、鐵線橋、鹽水港、井水港、八掌溪、猴樹港、虎尾溪港、海豐港、二林港、三林港，二港亦多沙線，水退去口五、六里、鹿仔港，潮長，大船可至內線，不能抵港，外線水退，去口十餘里，不知港道，不敢出入、水里港、牛罵、大甲、貓干、吞霄、房里、後壟、中港、竹塹、南嵌、八里坌、蛤仔爛，可通杉板船。臺灣州仔尾、西港仔、灣里，鳳山喜樹港、萬丹港，諸羅海翁堀、崩山港，只容古仔小船。再鳳山岐後、枋寮、加六堂、謝必益、龜壁港、大繡房、魚房港，諸羅冂仔、穵象領，今盡淤塞，惟小魚船往來耳。山後大洋，北有山名釣魚臺，可泊大船十餘；崇爻之薛坡蘭，可進杉板。
沿海暗沙險礁，哨船龍骨艱於駕駛。即有可以開駕者，必俟潮水平時方可進港，否則沙堅水淺，終於望洋港外；更值風暴，又無收泊之所。或云：當改製杉板古仔數隻，質輕底平，隨波上下，易於巡防，隨處可以收泊。高知府鐸云：「朱逆之變，士民避亂，及平臺後，商旅貿易，乘彭仔等平底船，在洪濤巨浪中，往來如織。康熙壬寅五月，水師營雇坐彭仔出哨，遭風失桅，飄至浙江黃巖，人船卒致保全」。是在內港既屬相宜，即外洋亦可無患。
鹿耳門砲臺，今圯。砲十五位，中、左、右三營各五位；以木架之，中有一樞，隨向轉動，名曰轉輪砲。雍正甲辰，總兵林亮新修砲架，上橫梁前後各長四尺，中實三尺，下橫梁前後各長五尺，中實三尺，上下直梁各長四尺，梁柱各五寸，四方直柱各高四尺，接筍處俱裹以鐵，下坐板厚三寸、橫八尺、闊七尺，柱腳木九根，圍一尺八寸、長五尺、入地四尺五寸。蓋以木為之，如屋頂式，可以避風雨剝蝕；兩邊用環勾牽，然砲時掀下極易。
