康熙辛丑六月初三日，上諭臺灣民眾：「據督臣滿保等所奏，臺灣百姓似有變動；滿保於五月初十日領兵起程。朕思爾等俱系內地之民，非賊寇之比；或為饑寒所迫，或為不肖官員剋剝，遂致一二匪類倡誘，眾人殺害，情知罪不能免，乃妄行強拒；其實與眾何涉！今若遽行征剿，朕心大有不忍；故諭總督滿保，令其暫停進兵。爾等若即就撫，自諒原爾罪；若執迷不悟，則遣大兵圍剿，俱成灰燼矣。臺灣只一海島，四面貨物俱不能到，本地所產不敷所用，祗賴閩省錢糧養生；前海賊占據六十餘年，猶且剿服，不遺餘孽，今匪類數人，又何能為！諭旨到時，即將困迫情由訴明，改惡歸正，仍皆朕之赤子。朕知此事非爾等本願，必有不得已苦情；與其坐以待斃，不如苟且偷生，因而肆行擄掠。原其致此之罪，俱在不肖官員。爾等俱系朕歷年豢養良民，朕不忍剿除，故暫停進兵。若總督、提督、總兵官統領大兵前往圍剿，爾等安能支持？此旨一到，諒必就撫，不得執迷不悟，妄自取死！特諭」。
『朱寇警報至郡，總兵歐陽凱令遊擊周應龍帶兵四百人，並調新港、目加溜灣、蕭壠、麻豆四社土番隨往。應龍傳諭：「殺賊一名賞銀三兩，殺賊目一名賞銀五兩」。土番性貪淫，殺良民四人；縱火燔民居，復斃八人；載道股栗。賊黨借兵番殺掠為辭，鼓煽村莊；由是紛紛響應，號召豎旗殺總兵，全臺陷沒』。
『周應龍駐兵楠仔坑，軍士風餐露宿，每多怨咨。羽書告急，立弔北路番為先鋒，歷處奪民衣食，掠淫漢婦，妄殺平民，概不禁制。居民遭番戕毒，各里社會立偽旗，賊勢益振。迨後府中紛紛避難，縣官出入，單騎無侍從。新港土番率眾至府，白晝劫奪，百姓群殺之，縣官不敢與聞』。
朱一貴原名朱祖，岡山養鴨。作亂後，土人呼為鴨母帝。賊夥詭稱海中浮玉帶，為一貴造逆之符。既得郡治，一貴自稱義王，僭號永和；以道署為王府。餘孽有平臺國公、開臺將軍、鎮國將軍、內閣科部、巡街御史等偽號，散踞民屋。刼取戲場幞頭蟒服，出入八座，炫燿街市。戲衣不足，或將桌圍、椅背有綵色者披之；冠不足，或以紅綠綢，紵色布裹頭，以書籍絮甲。
變後，居民避難，絡繹海上；風恬浪靜，寸艇飛渡，不畏重洋之險。大師自六月十六日進鹿耳門，十七日下安平鎮，二十二日復府治，未及浹日奏捷。先是，童謠有云：「頭戴明帽，身穿清衣；五月永和，六月康熙」。
『先，鄭逆流毒沿海州郡，迨破金、廈兩島，賊退守臺、彭；越二年乃滅之。朱一貴為亂，未兩月便授首。二事遲速不同，何也？蓋鄭逆竊踞海上曆有年所，黨與尚多；且踞彭湖，是臺灣多一門戶，故其道主緩圖而為萬全之計。朱一貴雖號稱十餘萬賊，率系烏合之眾；時水師副將許雲度勢已不支，揮民船使歸內地，廠內戰艘未成者悉焚之，賊故不得取彭湖；又與賊將杜君英相攻殺，故其道主急攻而得制勝之術。此其所以異也。然而有同焉者。臺灣南、北、中三路皆有港門可入，中路鹿耳門最稱險要，乃前者將軍施琅誓師期諸將取鹿耳門；後者總督滿保詭稱三路并發，及期仍令齊攻鹿耳門。何也？蓋鹿耳門一入，便登安平鎮，港內戰艘均在，是已斷其出海之路矣。安平隔港即臺灣府，賊失鹿耳門，必退守七鯤身；我師由陸可以直攻其首，由水可以衡攻其腹；水陸合攻，賊必不支。府地又無城郭可守，便當引去南、北二路，黨與孤危，不過傳檄可以立定矣。此其所以同也。抑聞之，康熙癸亥年克鄭逆，舟進港時，海水乍漲；康熙辛丑年克朱一貴，舟進港時，海水亦乍漲；前後若合符節；蓋由聖人在上，海若效順，王師所指，神靈呵護，理固然耳。然在臣子效命，必求萬全；老將行師，自有授受：所以閉門造車、出門合轍者，此中蓋有機焉。夫機有二義：一曰機謀之機，謀則至精至確，故其機不可失，而後一舉有必勝之方略；一曰機緘之機，緘則至慎至密，故其機不可露，而後百發有百效之韜鈐。況臺灣為海疆最要地，用兵乃國家之機事，持籌者使將士奉令以往、成功而退可矣，而不必使明其故者，蓋有深意在也』。
『島嶼之在外海者，皆荒煙草樹、魚龍窟宅，盜安所憑？在內海者，則汛防星列碁布，稍有見聞，便行擒捕，盜無由伏。惟臺灣一區，沃壤千里，人眾百萬，五穀狼藉，貨物畢充；近海諸郡，皆資臺灣所產。且地盡東南之表，則生番隔絕；港有沙石之阻，則門戶據險。至於重洋遠隔，風信難定，所以前代狡賊，踞此為雄；後奪之紅毛，又奪之鄭成功，閩粵之害，惟此數為盜藪耳。康熙六十年間，朱一貴復倡為亂，是雖太平至治之時，而一、二奸民虣夫猶不忘亂心如此也。然則治之當如何？無事之日，責在賢良之司、老成之帥，熟識風土，體察人情，愛民肅兵，培植元氣，安不忘危，弭亂未萌。萬一有事，法宜急平，毋使滋蔓；蓋乘其羽翼未大張，根本未甚固，則易為力，此其機不可失者也。然要必其熟識於臺、彭之形勢，三十六島之灣澳，南、北、中路之港門，風雲妙合之天時，番民、莊社之情形，與夫用兵機宜，素講其理而親其事者，然後可任以大權，而功立成。至於輸餉饋糧以及舟艦甲仗，咄嗟立辦；選將行師，一呼立應；使內地不擾而軍務畢集，人事先定而天時可計，此其責惟在於大府之平時留心，斯臨事調遣裕如耳』。
八月十三日夜，臺灣颶風大作，倒壞衙署、倉廒、民房，傷損船隻、人民田禾。上召入九卿、詹事、科道面諭：「臺灣颶風大作，官兵商民傷損甚多，朕心甚為不忍！前朱一貴等謀反，大兵進剿，殺戮已多；今又遭風災！書云：「大兵之後，必有凶年地方」；茲言信然。總因臺灣地方官平日但知肥己，剋剝小民，激變人心，聚眾叛逆；及大兵進剿，征戰殺戮，上干天和，颱颶陡發，倒塌房屋，淹沒船隻，傷損人民；此皆不肖有司貪殘所致！今宜速行賑卹，以慰臺民」。九卿議照保安沙城地震散賑之例，倒房一間銀一兩，壓死大口一口銀二兩，小口一口銀七錢五分；被風傷船壓死兵丁應照出兵病故官兵每名賞銀五兩，給伊等妻子。臺灣縣倒厝五千八百八十一間，壓死男婦大小三十八口，共賑銀五千九百四十四兩五錢；鳳山縣倒厝三千三百六十五間，壓死男婦大小二十九口，共賑銀三千四百十九兩二錢五分；諸羅縣倒厝一千四百四十二間，壓死男婦大小八口，共賑銀一千四百五十六兩七錢五分；各營壓死兵丁一百二十名，共賞銀六百兩。又敕下蠲免三縣六十年額征民番銀二萬二千二百十五兩四錢零、粟十三萬八千九百五十二石六斗零。被災民番，大口給粟二斗、小口給粟一斗。臺灣縣民五千五十八口，共賑粟九百三十七石五斗；鳳山縣民番八千八百六十七口，共賑粟一千四百八十七石六斗半；諸羅縣民番八千五百六十六口，共賑粟一千三百六十五石三斗。
漳浦諸生藍鼎元著有東征集、平臺紀略，諸羅教諭蔡芳有平臺始末，同安黃耀炯有靖臺實錄，言之詳矣。漳浦明經陳夢林鹿耳門即事八首並自注，附錄於左：「征颿搖曳海無波，回首滄桑一擲梭。前後三從此地入，安危幾度險中過。頑民革面干戈戢，諸將承恩節鉞多。獨有書生仍故我，白頭杖策待如何」！「東港由來各一天，興朝覆載獨無偏。地袤南北二千里，人樂耕漁四十年。習染漸澆爭靡麗，民風尚力雜機權。當時載筆空愁思，滿目煙花正斗妍」。「地震民訛桐不華，庚子春，有高永壽者詣帥府自首云：至琅嶠，一人乘筏，引入山後大澳中，船隻甲仗甚盛，中渠帥一人名朱一貴云云。鎮道以為妖言，杖枷於市。辛丑，群賊陷郡治，議所立，因以朱祖冒一貴名。賊平，遣人入瑯嶠，遍覓並無其處，亦異事也。是年冬十一月，地大震。臺多莿桐，辛丑春闔郡無一華者。有妖僧異服，倡言大難將至，門書「帝令」二字則免。僧即賊黨也。賊平，僧伏誅。處堂燕雀自喧譁。無端半夜風塵起，幾處平明旌旆遮。牧豎橫篙穿赤甲，時官軍寡弱，賊眾至數萬，多以竹篙為槍，將軍戰血幔黃沙，副將許雲、參將羅萬倉、遊擊遊崇功、守備胡忠義、馬定國、千總陳元、蔣子龍、林文煌、趙奇奉、把總林富、林彥、石琳俱戰死；把總李茂吉不屈，罵賊死。傳聞最是游公壯，登岸飄然不顧家。四月廿九日，崇功自笨港巡哨還，入鹿耳門，官眷有下船者。崇功頓足曰，官者，兵民之望，官眷下船，則兵民心散，大事去矣！時賊已逼郡，亟登岸。婿蔡姓者叩馬固請，願一過家門，區處眷屬。崇功厲聲曰：吾此身朝廷所有，今日那知有家！躍馬麾眾竟去。前後連戰，凡手刃數十百人。崇功既殉，蔡亦赴海死。「萬頃洪濤沙線瀠，參差竹樹亦干城。非關群盜全無策，漫說元戎有勝兵；風自西來知順逆，船從淺入任縱橫；潮頭頃刻高尋丈，天佑皇圖孰與爭」六月十六日亭午，西風大作，潮長六、七尺，戰艦鴈行齊入鹿耳門，遂克安平！「沙磧甘泉信有神，廟謨宏遠古無倫。鯤身合戰齊群力，西港分奇仗虎臣，十七、十九日，賊犯鯤身，殊死戰，我兵大破之。廿二日，總督藍廷珍率林亮、魏大猷等分兵由西港仔登岸，賊大敗，長驅至郡，諸路兵合，遂克郡治。草竊頓消冰見晛，天兵到處雨清塵。等閒一月全臺定，何似有苗格七旬」。「刀劫火輪萬象凋，黑風紅雨又漂搖，八月十三夜，颶風發屋拔木，大雨如注；昏黑中紅點飄颺，夾雨紛飛。漏盡，風雨乃止。民居倒塌無數，營帳船隻十無一存，死傷者千有餘人。纔看肆赦銜丹鳳，忽聽蠲租下九霄。瘡病人扶村灶冷，拊循力盡長官惟，時死傷載道。次年春夏間，米價騰湧，文武官廚一日兩粥；平糶散賑，戴星出入。至秋，人心乃定！轉移薄俗從今日，只在先皇十六條」。「絕島重洋古穢墟，棄留曾費幾躊躇！原資保障安封內，甯屑刀錐增幣餘。亂後賦須仍舊額，法寬農好治新畬。眼看磽確草萊盡，尺寸何當軍國儲」。「南從虎尾北雞籠，建邑當年議頗同，壬寅，詔允巡使請，於半線增設彰化縣。地逼諸番宜扼吭，址因故鎮更稱雄。天心悔禍民更始，帝德昭明日在東，巡使奏釋餘黨，從之。寄語王官好著意，無忘前事曠天工」。
康熙六十一年七月，余奏請勒緝餘孽、寬免株連疏略云：「臣聞得朱一貴餘孽王忠、劉育等逃匿內山，不時出沒。本年四月初九日夜，殺竹仔腳塘兵。鎮臣藍廷珍遣弁追捕，於五月初三等日獲賊林干、林榮、朱崑生等，供王忠等先於四月內欲到三林港偷船出海，因無船隻，退入得寶寮；今又至內山清水寮潛伏。鎮臣令弁兵叜緝未獲，將空房燒毀。臣竊思內山南北兩路相通，水陸隘口甚多，賊奔竄不常，弁兵防禦稍疏，即受其害；若不竭力叜捕，終為臺郡之患。查凡承緝賊犯，原有定例，今已逾一年，尚無蹤跡；伏祈皇上敕部，嚴勒限期緝拿，限滿無獲，從重處分。文武官弁內有能設法擒獲者，即從優議敘。庶人人鼓舞，協力同心，爭相叜捕，王忠等指日可擒。再朱一貴作亂時，令民割辮以為記認，其中或被奸匪倡誘，或被抑勒脅從。去年聖諭，明如日月，聞宣布之後，士民俱慶更生。自首惡既誅，緝獲餘孽解赴省城審訊，陸續供扳之人，不時拿解，牽連不己，人心時懷驚懼！仰請聖主施寬大宏恩，敕下督撫，將拿獲真犯審明正法，其餘免其株連；曉諭黎庶，予以維新；則大法既昭，而海疆小民安居樂業，永戴皇仁世世矣」。敕部議行。雍正元年四月十五日，千總何免在鳳山林拿獲王忠並劉富生、陳郡等三名。余隨具摺將報獲逸賊日期奏聞；超擢何勉北路營參將，世襲拖沙喇哈番。
『臺灣始入版圖，為五方雜處之區，而閩粵之人尤多。先時鄭逆竊踞海上，開墾十無二三。迨鄭逆平後，招徠墾田報賦；終將軍施琅之世，嚴禁粵中惠、潮之民，不許渡臺。蓋惡惠、潮之地素為海盜淵藪，而積習未忘也。琅歿，漸弛其禁，惠、潮民乃得越渡。雖在臺地者，閩人與粵人適均，而閩多散處，粵恆萃居，其勢常不敵也。康熙辛丑，朱一貴為亂，始事謀自南路，粵莊中繼。我師破入安平，甫渡府治，南路粵莊則率眾先迎，稱為義民。粵莊在臺，能為功首，亦為罪魁。今始事謀亂者既已伏誅，則義民中或可分別錄用，以褒向義；加以嚴行保甲，勤宣聖諭，使食毛踐土之眾，一其耳目，齊其心志，則粵民皆良民也！何以禁為？故曰，聖王不易而化』。
南路澹水三十三莊，皆粵民墾耕。辛丑變後，客民與閩人不相和協。再功加外委，數至盈千，奸良莫辨；習拳勇，喜格斗，倚恃護符，以武斷於鄉曲。保正里長，非粵人不得承充；而庇惡掩非，率徇隱不報。余時飭所司調劑而檢察之，報滿擬陳請將外委多人分發閩、廣，各標營差操能者授以職，不堪委用者斥還本籍；不惟可清冒濫，亦以殺其勢也。尋被誣就質於杭，不果。
